История музея начинается с 1928 года, когда в Исаакиевском соборе была открыта выставка "История строительства Исаакиевского собора". Посетители могли увидеть чертежи, рисунки, модели, связанные со строительством храма документы ЛИИЖТа, Русского музея, Академии художеств и Ленинградского центрального архива, а также портреты архитектора О. Монферрана, художников К.П. Брюллова, Ф.А. Бруни и П.В. Басина.
12 апреля 1931 года с показа опыта с самым большим в мире маятником Фуко в Исаакиевском соборе был открыт Государственный антирелигиозный музей. В 1937 году Исаакиевский собор получил статус памятника, а музею был определен историко-художественный профиль.
В годы Великой Отечественной войны и блокады Ленинграда в Исаакиевский собор для сохранения перевозятся экспонаты музеев города и пригородных дворцов Петродворца, Павловска, Пушкина и Гатчины.
После войны, вместе с подготовкой к открытию, в соборе проводились ремонтные и реставрационные работы, которые начались в 1945 году и продолжались до 1963 года. Для посетителей музей открыл свои двери в декабре 1948 года.
Послевоенная экспозиция Исаакиевского собора включала следующие разделы: "Исаакиевский собор как историко-художественный и архитектурный памятник"; "История постройки Исаакиевского собора"; "От собора к музею"; "Маятник Фуко".
В январе 1963 года музей-памятник "Исаакиевский собор" стал филиалом Государственного музея истории Ленинграда.
В 1968 году на должность директора филиала был назначен Георгий Петрович Бутиков. Спустя год Министерство культуры РСФСР, приняв во внимание особую художественную ценность Исаакиевского собора и учитывая уникальность музея "Исаакиевский собор", выделило его в самостоятельное музейное учреждение. Впоследствии в состав музея вошли еще два собора Ленинграда: в 1971 году храм Воскресения Христова (Спас на крови) и в 1984 году храм во имя преподобного Сампсония Странноприимца. В период с 1968 по 2002 год основу деятельности музея составляет концепция исторически достоверной и научно обоснованной реставрации храмов-памятников, входящих в его состав.
Сегодня Государственный музей-памятник "Исаакиевский собор" - общепризнанный всероссийский центр культуры, многофункциональное музейное учреждение, создающее у посетителей ощущение особой атмосферы современного музея.
