Действие происходит после окончания Троянской войны. Царь Крита Идоменей, один из главных греческих военачальников, захватил богатую добычу. Его пленницей стала троянская царевна Илия. Бог моря Нептун, не простивший разрушения стен Трои и недовольный принесенными жертвами, препятствует успешному возвращению греков на родину, насылает штормы, губит людей и корабли. Флот Идоменея разметало бурей, некоторые корабли оказались у Крита, другие пропали, судьба их неизвестна.
Действие первое.
Корабль с троянскими пленниками потерпел крушение вблизи столицы Крита Кидонии. Царевич Идамант и его люди спасли тонущих троянцев. Илия вспоминает Трою, погибшего отца и братьев, но осознает, что спасший ее Идамант дорог ей. Илия корит себя за любовь к врагу. Появляется Идамант, который полюбил Илию с первого взгляда. Он признается в своих чувствах и ради Илии дарует свободу пленным троянцам. Но Илия не осмеливается признаться Идаманту, что его любовь взаимна.
Электра, дочь царя Агамемнона, сбежавшая из Аргоса на Крит, тоже любит Идаманта. Она надеется, что вступит с ним в брак, когда вернется Идоменей. Но Арбак приносит известие о гибели царя и его флота. Милосердие Идаманта к Илии вызывает ревность в Электре, а новость о смерти Идоменея - приводит в неистовство.
Идоменей и его люди уцелели в буре, однако за их спасение Нептун потребовал страшную плату: Идоменей должен принести в жертву того, кого первым встретит на берегу. Появляется Идамант. Отец и сын не сразу узнают друг друга, но когда Идоменей понимает, кого встретил, - он проклинает богов, отрекается от сына и запрещает ему появляться перед ним. Идаманта охватывает отчаяние.
Действие второе.
Идоменей открывает верному Арбаку правду о своей клятве. Вместе они находят способ спасти Идаманта: отправить его с Электрой в Аргос. Арбак сожалеет, что не в силах лучше послужить своим владыкам.
Появляется Илия. Она готова стать дочерью Идоменею и считать Крит новой родиной. Идоменей понимает, что смерть Идаманта станет и смертью Илии, и страдает от того, что поспешно данный обет влечет за собой новые жертвы. Буря в душе Идоменея страшнее, чем пережитый недавно шторм.
Электра счастлива: она уедет с Крита вместе с Идамантом, и вдали от Илии он забудет свое увлечение. Идамант неохотно подчиняется приказу отца покинуть родину. Однако отплыть им не удается. Разгневанный хитростью Идоменея Нептун насылает на Крит чудовище, которое губит всех без разбора. Идоменей признает свою вину, но отказывается принести в жертву невинного.
Действие третье.
Илия и Идамант наконец объясняются друг другу в любви. Идамант полон решимости сразиться с чудовищем и спасти Крит. Идоменей все еще надеется отослать Идаманта с Электрой в Аргос, но объяснить сыну подоплеку своего приказа он не готов. Идамант спешит навстречу смерти.
В сопровождении толпы к дворцу приближается Верховный жрец Нептуна, желающий знать имя того, кто предназначен в жертву. Идоменей признается, что в жертву должен быть принесен его сын Идамант. Арбак оплакивает судьбу Крита.
Жители Кидонии ликуют: Идамант убил чудовище. Но Идоменей понимает, что это не усмирит гнева Нептуна. Жертва должна быть принесена, и Идамант готов умереть ради отчизны.
В храме Нептуна все готово к ритуалу. В решающий момент Илия требует, чтобы вместо Идаманта в жертву принесли ее. Невинность и любовь смягчают гнев Нептуна: Идамант и Илия останутся жить, сочетаются браком и примут власть над Критом, Идоменей же должен отречься от престола.
Электра погружается в безумие. Критяне празднуют наступление мира.
Спектакль идет с двумя антрактами.